Le pape se nomme Innocent III (1198-1216), élu à l'unanimité à l'âge de 38 ans, ce qui est rare à l'époque, (mais faux puisqu'il y avait aussi un anti pape, peut-être élu aussi à l'unanimité, les sources vaticanes sont partisanes). Il avait écrit un livre sur le mépris du monde et la misère de l'homme.
En Allemagne, Frédéric II, roi des romains, n'a que deux ans et sa mère Constance reconnaît Innocent III comme tuteur et administrateur du royaume.
 Mais Philippe Auguste est favorable au duc Philippe de Souabe, oncle du petit, et Richard coeur de lion, roi d'Angleterre s'est déclaré pour Othon, alors duc d'Aquitaine; Philippe, et Richard ne sont pas en bons termes, Philippe étant rentré de la IIIe croisade avant Richard pour le déposséder avec l'aide de barons félons qu'Aliénor a eu du mal a contenir et qu'elle vient de ruiner ou presque pour payer la rançon de Richard fait prisonnier des Autrichiens à son retour de croisade,lequel meurt en réglant ses comptes à Chalut en 1199.

 Le pape investit aussitôt le jeune Frédéric II du royaume de Sicile (alors aux mains des normands), du duché de Pouille, des principautés de Capoue, de Naples, de Salerne, d'Amalfi et de la province de Marsi, comme fiefs du Saint-Siège, avec obligation pour l'impératrice Constance de payer à l'église romaine le tribut convenu et de prêter hommage lige au pape. 

Le pape règle aussi ses comptes à Rome, il chasse le sénateur de Rome et en nomme un autre, il oblige le préfet de Rome a lui prêter hommage lige, il expulse des podestats nommés par le peuple...
Le pape et Philippe Auguste ont aussi un litige concernant Agnès de Méranie, maîtresse de Philippe Auguste, le pape lui impose de l'éloigner ce que fit Philippe en l'enfermant au château de Poissy en 1200 où elle mourra peu après, mais Philippe ne rappelle pas son épouse légitime Ingelburge, fille du roi de Dannemark, qu'il a épousé en 1196. Innocent III condamne Philippe Auguste de bigamie et lance l'interdit sur le Royaume en 1199, Philippe s'appuie sur le haut clergé qui refusera la sentence .

C'est dans ce contexte tumultueux que le pape lance la quatrième croisade, quelques mois après son élection. Après l'échec de la précédente croisade, l'Europe était réticente à engager une autre campagne militaire en Terre sainte.  En 1198, le pape aborde le sujet d'une nouvelle expédition à travers des légats et des lettres encycliques. En 1199, une taxe a été prélevée sur tous les revenus, (en sus de la dîme saladine?) qui deviendra plus tard le précédent pour les impôts papaux systématiques. Grâce au prêche de Foulques de Neuilly (?,†1201) qu'il a mandaté en 1198, la constitution d'une armée croisée fut finalement décidée lors d'un tournoi à Écry sur Aisne, par le comte Thibaut III de Champagne (1179,†1201) qui en devint le chef, en novembre 1199. Les autres chefs envoyèrent au cours de l'hiver 1200-1201 leurs émissaires. Geoffroy de Villehardouin, auteur en ancien français de " De la Conquête de Constantinople", est envoyé pour négocier à Venise avec le puissant Doge Enrico Dandolo (1107,†1205), lequel a des privilèges commerciaux considérables au sein de l'empire byzantin, un contrat de transport jusqu'à l'Égypte qui était alors le centre de l'empire ayyoubide. Ce pays était assez riche et fertile pour qu'une grande armée de croisés trouve à s'y nourrir, ce qui n'était nullement garanti en Syrie. De plus la conquête de l'Égypte devait porter un coup fatal aux musulmans.

 Gênes autre cité contactée déclina l'offre, mais Venise, alors la principale puissance maritime de Méditerranée, accepta d'affréter le nombre suffisant de navires pour transporter 30 000 croisés,  et 4500 chevaux moyennant une répartition égale des conquête et une somme considérable. Thibault de Champagne étant mort le 24 mai 1201, il fut remplacé par le seigneur italien Boniface de Montferrat.
Au cours de l'été 1202, l'armée croisée se réunit à Venise, sur le Lido, mais elle s'avéra beaucoup moins nombreuse que prévu. Le vieux et aveugle doge de Venise, Enrico Dandolo, refusa le départ des navires avant le versement par les croisés de la totalité du montant prévu : 85 000 marcs d'argent. Les croisés ne purent en verser que 51 000, et durent même pour y arriver en être réduits à la plus extrême pauvreté.

Finalement, Dandolo accepta de reporter la dette, en échange de quoi la puissante armée devait reprendre le port de Zara en Dalmatie, ancienne possession vénitienne passée sous la souveraineté d'Émeric, le roi de Hongrie, dont les terres étaient sous protection pontificale depuis sa prise de croix en 1195 ou 1196. Dandolo se croisa durant une cérémonie à la basilique Saint-Marc de Venise, puis il dirigea la flotte des croisés contre Zara. Ils y arrivèrent la nuit du 11 novembre. De nombreux croisés étaient opposés à cette attaque fratricide contre des catholiques et certains rentrèrent chez eux, dont une division commandée par Simon IV de Montfort. Les citoyens de Zara pendirent des bannières portant des croix latines à leurs fenêtres pour montrer qu'ils étaient également catholiques, mais cela n'empêcha ni la prise ni la mise à sac de la ville. Les Vénitiens et les croisés furent immédiatement excommuniés pour cet acte par le pape Innocent III en 1202.

Boniface, qui dirigeait la croisade, avait cependant quitté la flotte avant son départ de Venise. Les raisons de ce départ sont sujettes à débat : il avait peut-être compris les plans vénitiens et voulait éviter l'excommunication. Ou bien voulait-il rencontrer Alexis IV Ange, beau-frère de Philippe de Souabe et fils de l'empereur byzantin Isaac II Ange, réfugié chez Philippe après l'usurpation du trône par son oncle Alexis III Ange. Isaac II avait en effet été dépossédé en 1195 par son propre frère et était gardé prisonnier dans les geôles de Constantinople, où il avait été aveuglé.

Alexis IV proposa alors à Boniface de payer la dette des croisés envers Venise en échange de leur aide pour récupérer le trône de Constantinople. Il promettait aussi l'aide de troupes byzantines pour la conquête de l'Égypte. Peut-être Boniface se rappelait-il aussi de son propre frère, Conrad de Montferrat, qui avait épousé une des filles de l'empereur byzantin Manuel Ier Comnène mais avait quitté l'empire vers 1190, à la suite de scandales. Boniface puis Alexis rejoignirent donc la flotte des croisés à Zara, avant le départ de l'armée pour Corfou.

Après une escale sur l'île, en avril 1203, croisés et Vénitiens naviguent un mois durant à travers les mers Ionienne et Égée, jusqu'à finalement atteindre le Bosphore.

L'armée croisée s'installa d'abord sur la rive asiatique du Bosphore, à Chrysoupolis, où elle chercha vainement à provoquer une révolte populaire ou une révolution de palais en présentant à la population Alexis IV monté sur un navire. Celui-ci et ses alliés « latins » avaient cependant surestimé le soutien qu'ils pouvaient avoir dans la capitale byzantine, qui resta fidèle à Alexis III Ange. Les croisés et les Vénitiens se résolurent alors à mettre le siège à la cité impériale, réputée imprenable. Profitant de l'absence de la marine byzantine alors aux prises avec les Seldjoukides sur les côtes d'Anatolie et autour des îles, les croisés et les Vénitiens s'emparèrent de la Corne d'Or et y abritèrent leur propre flotte. De là, ils purent lancer un double assaut : les Vénitiens attaquèrent les remparts maritimes, plus vulnérables, tandis que les chevaliers croisés assiégeaient de leur côté les remparts à proximité du palais des Blachernes. L'attaque eut lieu le 17 juillet 1203. Alexis III Ange envoya ses troupes à l'extérieur des murs pour un assaut sur les croisés. Surpris, ces derniers furent pris de panique, mais l'armée byzantine, plus nombreuse mais moins entraînée que celle des « latins », fit demi-tour et rentra dans sa ville. Les Vénitiens qui avaient réussi à conquérir une partie des remparts durent payer un lourd tribut en vies humaines aux Varègues, qui constituaient la garde impériale d'Alexis III Ange. Voyant les Vénitiens maîtres des remparts, Alexis III prit la fuite à la nuit tombée, laissant sa famille dans la ville. Isaac II fut libéré des geôles et réinstallé comme empereur par les autorités byzantines, permettant ainsi d'éviter un nouvel assaut et le pillage de la ville. Alexis IV fut ensuite couronné co-empereur le 1er août, après que son père eut accepté de ratifier les conditions qu'il avait proposées aux croisés.

Le siège de Constantinople de 1204 par les Croisés (encore dénommés « Latins » ou « Francs ») fait suite au premier siège et aboutit à la prise et au saccage de la capitale de l'empire romain d'orient (ou Empire byzantin).
Au cours de la nuit, des croisés allument, pour se protéger, un mur de feu qui incendie plus encore la ville. Le 13 avril 1204 Constantinople est pillée par les croises. Les vénitiens se sont joués de l'enthousiasme des croisés pour détourner l'expédition contre Byzance. L'autel de Ste Sophie est mis en pièces. Les croisés installent un patriarcat latin qui subsistera jusqu'en 126. Pour survivre l'empereur doit céder de précieuses reliques: Louis IX acquiert la couronne d'épine, pour laquelle il construira la sainte chapelle. Les chrétiens orthodoxes n' oublieront jamais.
En dépit de leur serment et d'une menace d'excommunication, les Croisés infligent à Constantinople un horrible et sauvage pillage pendant trois jours au cours desquels de nombreuses œuvres grecques et romaines anciennes et médiévales sont détruites ou volées, les sanctuaires et les palais étant pillés.

Il a été dit que le montant total pillé à Constantinople était d'à peu près 900 000 marcs d'argent. Les Vénitiens ont reçu 150 000 marcs qui leur étaient dus, alors que les Croisés ont reçu 50 000 marcs. 100 000 autres marcs d'argent ont été répartis entre les Croisés et les Vénitiens. Le reste des 600 000 marcs d'argent a été secrètement gardé par de nombreux chevaliers.

Tandis que les marchands vénitiens s'arrogent le monopole du commerce entre Orient et Occident et même un droit de regard sur l'élection du patriarche, les Francs se partagent les dépouilles de l'empire. L'un des leurs,  Baudouin VI de Hainaut se voit couronné empereur « latin » sous le titre de Baudoin Ier de Constantinople dans la cathédrale Sainte-Sophie et  devient le premier titulaire de l'empire latin d'orient. Il brise aussitôt l'administration relativement moderne de l'empire grec et lui substitue une mosaïque de principautés féodales comme le royaume de Thessalonique et la principauté d'Achaïe, dans le Péloponnèse.
 Baudouin 1er fonde l'empire latin de Constantinople (Romanie)et les Byzantins se replient en Asie et fondent l'Empire de Nicée (1204-1261).